撇开非盈利、纯公益的小额信贷组织不谈(这部分机构在当前我国小额贷款市场占比较小)。当前商业性小额信贷机构与平衡性小额信贷机构，能够获得良好盈利并能持续发展的企业也是为数不多的。
从盈利模式来看，目前我国的小额贷款公司主要盈利来自于发放较高利率水平的贷款来获取的利差。而按目前的经营环境及监管要求，小贷公司无法实现较好的投资回报率。
由于小贷公司不允许吸收公众存款，小额贷款公司的出资人均会将自己的平均融资成本当成设立公司的最低保本收益点，即投资回报率的最低容忍度不得低于自己的融资成本或本行业的平均投资回报率。民营企业家一般将主业的平均融资成本当着小贷公司的资金成本，而国企出资人往往会把银行基准利率当着小贷公司的保本投资回报。小额贷款公司股东给经营层每年的盈利考核并不是指本身的帐面盈利(所有资本金在会计报表上是没有成本的)，而是指最后股东分配的利润减去股东本身的融资成本才认为是真正的盈利。这也是目前监管部门与小贷公司之间理解的一个根本差误。
全国范围内，绝大多数小额贷款公司均无法享税收优惠政策。江苏农村小额贷款公司享受上述政府优惠的前提是小贷公司要达到三个70%的监管要求(涉农贷款余额超过贷款总额的70%、小额贷款余额超过贷款总额的70%、中长期贷款余额占比超过70%)。
分析得出，小额贷款公司如果全部使用自有资本金放款，即使团队及执行多么优秀，在资金全额投放、不良贷款损失控制在1%以内、费用控制远低金融同业标准、平均利率远高于金融机构年化利率高达15%的情况下，小贷公司投资人的净回报率只达到7.51%，远低于目前民营企业的平均融资成本10%。如果按照平均再融资杠杆率1.1倍－1.5倍计算，净回报率也仅接近10%左右。事实上，上述计算依据对成本及风险的控制非常保守，小贷公司实际经营利润还要更低于此。对企业家来说，不如减少些银行贷款而不投资小贷公司更合算。
当然，就全国而言，小贷公司的平均年化利率也远高于15%，大部分小贷公司的平均年化利率为18%－24%之间，甚至向高利贷转化。但是，是不是这样的年化利率就可以简单地变为增加的资本回报率呢？实际情况当然不是，因为随着高利率而来的就是极高的不良率及坏帐率，这部分损失甚至超过了小贷公司由于上浮的利率带来的利益。笔者做过较详细的数据收集，结合全国多地小贷公司反馈信息，基本上贷款平均利率从15%起每上升1个百分点，小贷公司的不良率约上升1.5%－2%；利率18%起每上升1个百分点，不良率更是上升至2%－3%，尽管全国各地经济情况差距很大，但不良数据随着贷款平均利率的上升同步增长是不争的事实。其实原因非常简单，高收益必然导致高风险，那些希望用高回报来覆盖高风险的的想法完全无法实现。
当然监管部门的初衷是，以企业家自有资金或闲置资金来投资小贷公司，不能计算资金成本。但放眼全国，有几家民营企业没有银行贷款？又有几个成功的企业家希望自有资金的收益低于金融机构贷款利率？这种初衷既是纯幻想的，更是不合理、不符合市场规律的。
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