1、风险备付金。
风险备付金是银行卡清算机构的最基本风险工具。该笔资金主要用于防范其成员机构可能存在资金头寸不足而引起的清算风险。除此以外，银行卡清算机构还有一系列的风险资金缺口平抑工具，清算风险发生时，会根据风险程度的高低，动用一种或数种风险工具，确保清算业务的安全、平稳完成。从产业生态机构看，银行卡清算机构与商业银行、收单机构表现为共生性，因此表现为“共享收益，共担风险”。
2、主动风险预警与提示系统。
在信息泄露等时间发生后，会逐步出现银行卡盗刷交易，作为一家商业银行需要本行多名或数名持卡人投诉才能有效查找信息泄露源头。而银行卡清算机构可通过其基于风险大数据而建立的高风险商户等风险识别模型，主动发现伪卡前期特征，例如伪卡集团需要提前确认银行卡信息与密码的是配型，会在终端发起多张卡的余额查询交易等。银行卡清算机构可以主动接入调查，向发卡银行发出预警提示，采取降低持卡人交易额度或更换卡片的风险措施，确保银行卡资金安全。
3、风险资金多重拦截举措。
银行卡清算机构在收到网络内成员机构报告出现伪卡盗刷等风险事件后，通过与各机构共同搭建的风险平台联络网，将风险事件信息快速传递到相关收单机构，对启动必要的资金拦截与风险干预措施，为持卡人及发卡银行降低甚至挽回风险损失。
综上来看，银行卡清算机构所面临各类风险管理与处置均对机构的资金实力提出较高要求，每年银行卡清算机构需完成数十万亿的资金流动，这些庞大的资金流转需要一个抗风险能力较强的机构运作，才能避免金融流动性风险，10亿的注册资本要求也许并不算高。
