一、做好进项发票管理
增值税的特点就是可以抵扣，因此进项发票对于一般纳税人的重要性就不言而喻了。餐饮行业进项发票种类可能有：
1.增值税专用发票；
2.农副产品销售发票（增值税普通发票）；
3.农副产品收购发票；
4.海关完税凭证。
餐饮企业在采购时，应极可能选择可以取得进项发票的渠道。一般来讲，能够开具增值税专用发票和农副产品销售发票的，都是比较大型的或正规的，要么是工厂，要么是经销商，要么是农副产品生产销售合作社等。选择大型或正规的渠道，对于餐饮行业的食品安全也是有保障的。
餐饮行业也可能直接向农产品生产者（农户）收购。营改增后，餐饮行业可以向国税部门申请领取农副产品收购发票。在收购农副产品时由餐饮企业自行开具。对于农副产品收购发票各地管理都比较严格，对于农夫资格、产品范围等有较严格限制，餐饮行业企业初次领取使用时需要特别注意。
二、改变一些业务模式
有些餐饮行业对于生鲜食品可能是从大型批发市场采购，由于各种原因可能无法取得农副产品销售发票或增值税专用发票，限制了进项抵扣。
为解决该问题，可以充分农副产品销售发票（普通发票）也可以抵扣的这一点。可以将企业的采购部门独立出去，成立个体工商户或合伙企业（以下简称采购企业）。该类企业不征收企业所得税，个人所得税可以核定征收。
由采购企业去批发市场采购然后销售给餐饮企业，采购企业开具农副产品销售发票，餐饮企业凭发票申请抵扣。采购企业需要控制销售额，保持为小规模纳税人。采购企业缴纳3%的增值税，餐饮企业则可以申请抵扣13%。
三、转变营业税模式下的旧思维
营业税模式下，一些企业在采购付款中经常出现现金付款、第三方付款等情况，因为营业税没有“三流合一”的要求。虽然“三流合一”有争议，但是基层国税机关还是很看重“三流合一”的，为了减少不必要的麻烦最好做到“三流合一”。
四、增值税进项核算的注意事项
餐饮行业可以抵扣的进项发票较多，最好按照不同税率或扣除率分项目进项核算。
1.增值税专用发票和海关完税凭证的抵扣
餐饮行业可能取得增值税专用发票税率有17%、13%、11%、6%和5%。
2.农副产品收购发票和销售发票的抵扣
农副产品收购发票和销售发票可以按照票面金额乘以13%作为进项抵扣。虽然都是13%，但是与专用发票的13%计算方式不一样。比如同样是买价金额（含税）10000元的发票：
专用发票可以抵扣进项税额=10000*13%/（1+13%）=1150.44元
收购发票或销售发票可以抵扣的进项税额=10000*13%=1300元
3.进项税额的转出
一般的餐饮行业对员工都是要包吃的。员工吃饭也是要消耗原材料的，员工吃饭无论属于个人消费还是集体福利，或者说是无偿提供的餐饮服务，该部分都是不能抵扣，因此应做进项转出。对于员工吃饭消耗的原材料要确定合理地原材料成本及进项税额。至于什么叫合理，没有标准答案，能说服税务局的就算合理。
五、增值税销项核算的注意事项
由于餐饮服务和食品外卖适应的税率不一致，税法要求必须分开核算，否则按照高税率计算。由于税率差异较大，可能很多企业都想往低税率的餐饮服务上靠，但是企业也要注意税务风险。比如餐饮企业有外卖窗口或在网上进行外卖销售，但是却没有申报外卖的，肯定是容易出事。有些餐饮行业要划分现场消费或打包带走，确实不好划分，但是需要掌握一个度。
