财政部关于印发《营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定》的通知（财会〔2012〕13号）规定：
一般纳税人提供应税服务，试点期间按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额；同时，“主营业务收入”、“主营业务成本”等相关科目应按经营业务的种类进行明细核算。
企业接受应税服务时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
但是财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知（财税〔2013〕106号）规定的可以选择按简易计税方法的特定应税行为如下：
1.试点纳税人中的一般纳税人提供的公共交通运输服务，可以选择按照简易计税方法计算缴纳增值税。公共交通运输服务，包括轮客渡、公交客运、地铁、城市轻轨、出租车、长途客运、班车。其中，班车，是指按固定路线、固定时间运营并在固定站点停靠的运送旅客的陆路运输。
2.试点纳税人中的一般纳税人，以该地区试点实施之日前购进或者自制的有形动产为标的物提供的经营租赁服务，试点期间可以选择按照简易计税方法计算缴纳增值税。
3. 自本地区试点实施之日起至2017年12月31日，被认定为动漫企业的试点纳税人中的一般纳税人，为开发动漫产品提供的动漫脚本编撰、形象设计、背景设计、动画设计、分镜、动画制作、摄制、描线、上色、画面合成、配音、配乐、音效合成、剪辑、字幕制作、压缩转码（面向网络动漫、手机动漫格式适配）服务，以及在境内转让动漫版权（包括动漫品牌、形象或者内容的授权及再授权），可以选择按照简易计税方法计算缴纳增值税。
4.试点纳税人中的一般纳税人提供的电影放映服务、仓储服务、装卸搬运服务和收派服务，可以选择按照简易计税办法计算缴纳增值税。
而上述四项应税行为均不属于差额征收增值税。
财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知（财税〔2016〕36号）则出现了适用简易计税方法同时按差额计税的两个项目，其一是一般纳税人跨县（市）提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，按照3%的征收率计算应纳税额。其二是一般纳税人销售其2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。
36号还有两个公式，应纳税额=销售额×征收率；销项税额=销售额×税率
显见应纳税额适用的是征收率，对应的是简易计税方法，而销项税额适用的是税率，对应的是一般计税方法，而“应交税费——应交增值税（营改增抵减的销项税额）”从名字上看应当是采用一般计税方法而实行差额缴纳增值税的。
从增值税纳税申报表的设计上，我们注意到主表19栏为应纳税额，而计算公式为11栏销项税额-18栏实际抵扣税额，另21栏为简易征收办法的应纳税额，显见是路归路，桥归桥，如果19栏应纳税额为0，20栏还有期末留抵税额，但21栏简易征收办法的应纳税额仍是需要缴纳的。
所以财会〔2012〕13号有必要在未来增加一条，即实行简易计税办法下的差额纳税怎么办？
咬文嚼字一下，增值税应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为销售额，但是在会计上销售额可不是扣除分包款后的余额，既要考虑会计原理，又要照顾税收原则，即会计上的收入是销售额，分包款则是成本，13号文件原理依然用得上，
例：某建筑企业系一般纳税人，两个老项目采取简易计税办法，当月老项目A取得全部价款和价外费用1030万（假设增值税纳税义务发生时间即为会计确认收入时间），同月取得两张分包发票，各515万元，但其中一张515万元系老项目B取得的分包发票。
国家税务总局关于发布《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》的公告（国家税务总局公告2016年第17号 ）第十条对跨县（市、区）提供的建筑服务，纳税人应自行建立预缴税款台账，区分不同县（市、区）和项目逐笔登记全部收入、支付的分包款、已扣除的分包款、扣除分包款的发票号码、已预缴税款以及预缴税款的完税凭证号码等相关内容，留存备查。
可见亦是桥归桥，路归路，按项目归集收入与分包款。而不能此分包款抵彼的收入。
取得收入时，借银行存款1030，贷主营业务收入-A项目1000，贷应交税费未交增值税-A项目30，取得分包发票时，借主营业务成本-A项目500，借应交税费未交增值税-A项目15，贷银行存款515，预缴时，借应交税费未交增值税-A项目15，贷银行存款，在机构所在地申报时零申报即可。
至于B项目，则借主营业务成本或预付帐款等-B项目500，借应交税费未交增值税-B项目15，贷银行存款515。
如此则实现了：一、简易征收应纳税款不会抵减一般计税方法下的应纳税额，二、实现了差额纳税。
