2016年5月1日起，纳税人销售不动产改征增值税了。增值税是价外税，转让不动产销售收入不含增值税；购进的不动产抵扣了进项税，则增值税税款不计入房产原值；开发房地产，购进的货物和服务的进项税额可以抵扣，计算土地增值税时增值税金不可以扣除，可见计算土地增值税的收入和扣除都和营业税时代有所不同。那么营改增后，给土地增值税带了哪些问题呢？
一、43号文如何把握。
《财政部 国家税务总局关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知》（财税[2016]43号，以下简称43号文）规定：“《土地增值税暂行条例》等规定的土地增值税扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目”。房地产开发企业开发按照简易计税的项目，土地增值税清算时，清算项目中的扣除项目因进项税不能扣除，扣除项目的增值税可以扣除容易把握。但对一般计税项目，清算时，哪些进项税专票可以扣除把握上，就存在问题：增值税票管理权属国税机关，账务上，企业已做抵扣的专票，可能会发生清算完成后，因各种原因，专票不能抵扣了，或者因客观原因不能抵扣的专票经总局稽核后又能抵扣，这种事后的变化，会导致清算结果难以准确，是其一；其二是，清算审核，意味着地税机关需要对专票是否可抵扣进行审核，而增值税发票由国税局管理，按照目前的清算审核程序设计，地税机关有超越管理权限嫌疑。
二、单位纳税人销售取得的不动产计征土地增值税时，附加税如何计算，如何扣除。
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号，以下简称36号文)及国家税务总局2016年第14号公告，都规定除其它个人以外的纳税人转让取得的不动产都要在地税机关预缴，然后在国税局申报。当纳税人是一般纳税人时，销售其取得的不动产采用一般计税方法，按5%的预征率在地税机关预缴后，向国税机关申报缴纳，自行开具增值税发票。单位二手房交易的土地增值税可扣的附加税金如何确定？如果按照预缴的增值税征附加税扣除，金额确定，但法理上、逻辑都不完善，假定该纳税人除该二手房交易外，没有其他业务发生，那么按11%申报缴纳增值税，扣除5%预缴部分，仍需补交6%增值税，相应地，附加都需补缴，从土地增值税法理上讲，补缴的附加在计算土地增值税时，均能予以扣除。但实务中，情况要复杂得多，单位纳税人本期申报缴纳的增值税中，包括了二手房在内的其他应税行为，当然也包括了其他应税行为的进项税金抵扣，所以本期扣除二手房预缴的增值税后，应补缴的增值税，已非完全是二手房所对应补缴的增值税了，当然也可能本期销项小于进项，无需补缴增值税。不管哪种情形，在国税当期申报缴纳的增值税，其补缴的附加，从金额上已经很难确定哪部分可以归到二手房交易土地增值税扣除。而且，也不便于征管。因此，土地增值税采取5%预缴增值税随征附加计算扣除，更符合实际。但需要高层次税务机关进行明确，消除纳税人及基层执法人员涉税风险。
三、土地使用权转让涉及的土地增值税如何操作需要进一步明确。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第138号）第二条规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应依照本条例缴纳土地增值税”
纳税人只转让土地使用权，在计算土地增值税扣除项目中的附加税能不能扣除，认为不能扣的观点，依据如下：营改增后转让土地使用权不在地税局预缴增值税，在地税申报土地增值税时没有扣除税金的凭证，当然不能扣，更因为增值税的当期税额是所有的销项税减进项税，分不清哪是无形资产哪是不动产哪是货物的税，所以就没有对应的附加税。
认为可以扣附加税的观点认为，在国税交增值税，就要在地税局申报附加，无论是一般计税方法还是简易计税方法，转让土地使用权都是不常发生的行为，只就该业务来说，可以计算出附加税。能计算出附加税就应该在计算土地增值税时扣除。
纳税人转让土地使用权在国税办还是在地税办也有分歧。
36号文附件1第五十一条规定：“ 营业税改征的增值税，由国家税务局负责征收。纳税人销售取得的不动产和其他个人出租不动产的增值税，国家税务局暂委托地方税务局代为征收”。
36号文附件1的附件第二条第1项，第三项分别规定：“销售无形资产，是指转让无形资产所有权或者使用权的业务活动。无形资产，是指不具实物形态，但能带来经济利益的资产，包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产”；“自然资源使用权，包括土地使用权、海域使用权、探矿权、采矿权、取水权和其他自然资源使用权”
36号文附件1的附件第三条第４项规定：“转让建筑物有限产权或者永久使用权的，转让在建的建筑物或者构筑物所有权的，以及在转让建筑物或者构筑物时一并转让其所占土地的使用权的，按照销售不动产缴纳增值税”
