保税区是经批准设立、受海关监督管理的可以较长时间存储商品的区域，而综合保税区是设立在内陆地区 的具有保税港区功能的海关特殊监管区域。那么，保税区与综合保税区的区别有哪些呢？
保税区和综合保税区虽然只有二字之差，但税收政策却有着非常大的不同，特别是对于销售货物进入到特殊监管区域的企业而言，存在是否能够享受出口退税的差别，需要仔细加以辨别，避免带来不必要的税收风险。
保税区与综合保税区的区别一：
综合保税区实行“入区退税”，保税区实行“离境退税”政策。综合保税区具备“境内关外”身份，符合条件的境内区外的货物进入综合保税区可以享受 “入区退税”政策;而保税区则只具备境外货物的保税功能，但境内区外货物进入保税区不能享受出口退税政策，而是和内销货物一样处理。保税区内的货物只有在 出口到境外时，符合条件的可以办理出口退税。
产生这个政策分野的源头是《财政部、国家税务总 局关于印发〈出口货物退(免)税若干问题规定〉的通知》(财税〔1995〕92号)的规定：“对非保税区运往保税区的货物不予退(免)税。”《财政部、国 家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》(财税〔2012〕39号)虽然废止了92号文件，但39号文件第一条第二款规定的出口货物范围 中，只列明了出口报关进入出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、珠澳跨境工业区、中哈霍尔果斯国际边境合作中心、保税物流中心(B型)这些特 殊区域，其中仍不包括保税区，也就是意味着进入保税区的货物不视作出口货物，因此也不能享受出口退税政策。
保税区与综合保税区的区别二：
综合保税区内企业不能认定为一般纳税人， 不能使用增值税专用发票。对于从事货物生产和加工劳务的企业而言，由于综合保税区具有“境内关外”的身份，因此注册在综合保税区内的企业无法认定增值税一 般纳税人资格，不能使用增值税专用发票。保税区则不然，正如前面所述，境内区外的货物进入保税区无法享受出口退税政策，只能按内销处理，因此保税区内的企 业可以认定增值税一般纳税人并使用增值税专用发票。
值得注意的是，对于综合保税区内企业不能够认定一般纳税人和使用专用发票，目前并没有文件直接明确，现行的管理主要是基于政策原理出发而来。《中华人 民共和国增值税暂行条例》界定在中华人民共和国境内销售货物或提供加工修理修配劳务及进口货物的纳税人为增值税纳税人，对于这个“境内”的概念，《中华人 民共和国增值税暂行条例实施细则》明确是指销售货物的起运地或所在地在境内，还是没有更明确的地理范围界定。《国家税务总局关于出境口岸免税店 有关增值税政策问题的通知》(国税函〔2008〕81号)规定：“增值税暂行条例实施细则第七条规定的‘境内’，是指中华人民共和国关境以内”。根据这一 点，综合保税区因其“境内关外”的身份，我们可以明确其区域内的企业不属于增值税境内的范围，区内的企业也因此不作为增值税纳税人。但该文件已于2011 年依据《国家税务总局关于公布全文失效废止部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》而废止，目前尚无新的政策文件明确增值税的境内是否就是关境。不 过从综合保税区自身定位和出口退税政策的实施来看，增值税的境内等于关境这个范围是符合增值税政策原理和管理实际的。
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