第一种情况
1.从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
提醒：应在开具之日起180日内到办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
【例】2016年5月，某餐饮业增值税一般纳税人购入肉鸡加工成香辣鸡丁进行销售，取得增值税专用发票。专用发票列明的不含税金额为100000元，税率为13%，则纳税人当期允许抵扣农产品增值税进项税额为：100000×13%=13000（元）。
会计处理（企业购进农产品时，按买价或收购价扣除进项税额后的差额借记“原材料”等科目，按计算的进项税额借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，按买价或收购价贷记“银行存款”等科目。）：
借：原材料100000
应交税费-应交增值税-进项税额13000
贷：银行存款113000
第二种情况
2.进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
提醒：（1）应在开具之日起180日内到办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
（2）申报时需要提供符合抵扣条件且在本期申报抵扣的海关进口增值税专用缴款书的复印件。
第三种情况
3.购进农产品，按照取得的销售农产品的增值税普通发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。
（1）农业生产者销售自产免税农产品开具的农产品销售发票，可以按规定计算抵扣进项税额。
（2）根据《财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税[2008]81号），对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。因此，农民专业合作社销售免税农产品开具的农产品销售发票，可以按规定计算抵扣进项税额。
（3）纳税人批发零售蔬菜、鲜活肉蛋等免税农产品开具的农产品销售发票，不得计算抵扣进项税额。
（4）对不享受免税政策的批发、零售纳税人，依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的农产品销售发票，可以计算抵扣进项税额。
（5）上述计算抵扣“增值税普通发票”没有规定抵扣期限
（6）申报时需要提交的资料：购进农产品取得的普通发票的复印件。
（7）《增值税纳税申报表附列资料（二）》第6栏“农产品收购发票或者销售发票”：反映本期申报抵扣的农产品收购发票和农产品销售普通发票的情况。执行农产品增值税进项税额核定扣除办法的，填写当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，不填写“份数”“金额”。
《增值税纳税申报表附列资料（二）》第31栏“农产品收购发票或者销售发票”：反映已取得但截至本期期末仍未申报抵扣的农产品收购发票和农产品销售普通发票情况。
第四种情况
4.增值税一般纳税人购进农业生产者自产农产品，可以使用国税机关监制的农产品收购发票，按照现行规定计算抵扣进项税额，即按照收购单位自行开具农产品收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额，从销项税额中抵扣。
（1）纳税人收购农业生产者自产农业产品的应严格按规定开具农产品收购发票，对收购的货物非农业生产者自产免税农业产品的，应要求销售方开具发票。
（2）申报时需要提交的资料：已开具的农产品收购凭证的存根联或报查联。
（3）农产品收购发票没有规定抵扣期限
（4）计算抵扣是：进项税额=买价×扣除率
【例】2016年5月28日，某餐饮业增值税一般纳税人收购农户1000元的蔬菜并开具了收购业发票，款项通过现金支付给农户：
借：原材料870
应交税费-应交增值税（进项税额）130
贷：库存现金1000
第五种情况
5.按照《财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）规定，生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油实行核定扣除。《国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第35号）明确了具体核定方法。
后续《财政部国家税务总局关于扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围的通知》（财税〔2013〕57号）规定，各地可根据实际情况自行扩大核定扣除范围。
提示：生活服务业中的餐饮业以及建筑业和其他建筑服务的园林绿化等行业可能购进农产品。农产品是指初级农产品。
